De musical gaat over een grote, groene Oger, genaamd Shrek. Shrek woont al zijn hele leven in zijn eentje in een groot moeras. Op een dag ziet hij ineens allerlei sprookjesfiguren in zijn gebied, zoals Roodkapje, de Grote Boze Wolf, Pinokkio en een heks. Hij is boos, want hij wil het liefst niet gestoord worden. Ze zijn door ‘Lord Farquaad’ uit zijn Duloc verbannen en gedumpt in het stinkende moeras.
Shrek besluit om verhaal te gaan halen bij deze kleine, gemene prins. Tijdens zijn tocht door het bos, ontmoet hij de hysterische ezel, ‘Donkey’. Dit wordt zijn vriend en samen gaan ze op avontuur.
Eenmaal aangekomen bij het enorm grote kasteel van Duloc, maakt Shrek een afspraak met Lord Farquaad. Alle sprookjesfiguren mogen terug naar Duloc en Shrek krijgt zijn moeras weer terug. In ruil hiervoor moet Shrek de mooie prinses Fiona bevrijden uit de hoge toren waarin ze gevangen zit, zodat Lord Farquaad met haar kan trouwen.